Do głównych elementów skaningowego mikroskopu elektronowego należą:
Źródło elektronów – tutaj elektrony są generowane termicznie przy napięciu 1-40kV. Elektrony kondensują się w wiązki, które służą do tworzenia symulowanych obrazów i analiz. Można zastosować trzy typy źródeł elektronów. drut wolframowy, sześcioborek lantanu i działo polowe (FEG)
Soczewki – posiada kilka soczewek kondensatora, które skupiają wiązkę elektronów ze źródła przez kolumnę w wąską wiązkę, tworząc plamkę zwaną rozmiarem plamki.
Cewka skanująca – służy do odchylania wiązki na powierzchnię próbki.
Detektor – składa się z kilku detektorów zdolnych do rozróżnienia elektronów wtórnych, elektronów wstecznie rozproszonych i ugiętych elektronów rozproszonych wstecznie. Funkcjonalność detektora zależy w dużym stopniu od prędkości napięcia i gęstości próbki.
Urządzenie wyświetlające (urządzenie wyjściowe danych)
zasilacz
System próżniowy
Podobnie jak transmisyjny mikroskop elektronowy, skaningowy mikroskop elektronowy powinien być wolny od wibracji i jakichkolwiek elementów elektromagnetycznych.